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Inteligência artificial para procurar novas formas de desarmar bactérias resistentes aos antibióticos

Em 2022, Ricardo Monteiro procurava uma molécula capaz de desarmar uma bactéria perigosa para grávidas. Até agora já analisou mais de 200 milhões de compostos e chegou a 12 hipóteses promissoras.

Sofia Teixeira
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Rui Oliveira
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Inês Correia
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Este artigo faz parte da série “Antes e Depois”, um conjunto de reportagens sobre cientistas que já entrevistámos e cuja investigação revisitamos agora.

Há quase cinco anos, a conversa com Ricardo Monteiro começou, inevitavelmente, pelo problema das resistências aos antibióticos, um tema que o cientista conhece bem. O grupo de investigação em Microbiologia Molecular, do Instituto de Investigação e Inovação em Saúde (i3S), no Porto, a que pertence, tem como um dos grandes focos o desenvolvimento de novas estratégias de combate às infeções e a preservação da eficácia dos medicamentos antimicrobianos existentes.

Em 2022, Ricardo estava a iniciar um projeto que pretendia encontrar uma molécula capaz de interferir com o funcionamento da Listeria monocytogenes, uma bactéria de origem alimentar que pode provocar infeções graves, sobretudo em grávidas, recém-nascidos, idosos e pessoas com o sistema imunitário comprometido.

Em vez de procurar estratégias para a matar — uma abordagem que alimenta o problema das resistências — o investigador queria desarmá-la, ou seja, retirar-lhe parte da capacidade de provocar doença e torná-la mais sensível aos antibióticos. Na altura, tinha encontrado um bom alvo biológico na bactéria para fazer isso mesmo e estava a tentar encontrar um composto capaz de interferir com a proteína em causa.

“Spoiler alert: ainda não conseguimos encontrar um composto”, admite Ricardo Monteiro, quase cinco anos depois. Mas a ausência, por enquanto, de uma molécula que cumpra o objetivo não significa que a investigação esteja parada. Pelo contrário, houve avanços importantes, impulsionados também pelos progressos na inteligência artificial (IA). Estas ferramentas ajudaram a compreender, com um nível de detalhe muito maior, o funcionamento da proteína na bactéria e a selecionar os compostos que vale a pena testar em laboratório.

Procurar uma molécula que interaja com uma proteína de determinada forma é um pouco como tentar encontrar uma chave capaz de encaixar numa fechadura e abri-la. As opções não são infinitas, mas são em número avassalador. “Quando andamos à procura de uma droga para interagir com uma proteína, não podemos testar tudo. Temos algoritmos e supercomputadores que nos permitem fazer o teste virtual numa vasta série de compostos. Desde 2021 até agora, já avaliámos mais de duzentos milhões de compostos.”

Desde a última conversa com o Observador, em 2022, Ricardo Monteiro ganhou maior autonomia dentro do grupo de investigação, passando a coordenar alguns projetos e uma pequena equipa. O grande desafio que tem sentido está na gestão das pessoas e dos momentos maus — que, na vida científica, são muitos. “É muito difícil gerir as expectativas das pessoas e tentar mantê-las motivadas ao longo de muito tempo de trabalho numa coisa que não sabemos se vai funcionar.”

Numa fase inicial, começaram por chegar a uma lista de 96 compostos altamente promissores. Depois de novos testes, reduziram a lista para uma dúzia de moléculas. “Já temos estes 12 compostos no nosso laboratório e já os testámos.”

E algum funciona? “Os resultados que temos ainda não são cientificamente rigorosos para eu dizer se funcionam”, esclarece o investigador. Preferir a prudência a um anúncio prematuro é, neste caso, parte do próprio trabalho científico: uma molécula pode parecer promissora num primeiro teste e deixar de o ser quando os resultados são repetidos ou avaliados de outra forma. É nessa fase do processo que está o trabalho.

Ainda que encontre uma nova molécula, isso não resolve, por si só, o problema que está na origem desta investigação: a resistência aos antibióticos. E, neste campo, Ricardo Monteiro não tem boas notícias. “Está tudo igual e isso quer dizer que está pior.” Há quase vinte anos que se alerta para a falta de novos antibióticos, enquanto a utilização crescente dos medicamentos existentes favorece o aparecimento de resistências. O cientista acredita, contudo, que também aqui os avanços da inteligência artificial poderão trazer mudanças importantes, nomeadamente ao permitir reduzir os custos de desenvolvimento de novos fármacos, através da utilização de modelos computacionais e de ensaios virtuais nas fases iniciais da investigação.

Desde a última conversa com o Observador, em 2022, Ricardo Monteiro ganhou maior autonomia dentro do grupo de Microbiologia Molecular, liderado pelo investigador Didier Cabanes, passando a gerir alguns projetos e uma pequena equipa. Isso fê-lo chegar à conclusão de que há um aspeto transversal a muitos ofícios ao qual os cientistas não escapam. “As profissões evoluem todas para o mesmo sítio: a secretária. Quando se começa a ter alguma responsabilidade, acabamos todos por passar mais tempo à secretária, independentemente do que fazíamos antes.”

O grande desafio que tem sentido é coordenar as pessoas e os momentos maus que, na vida científica, são muitos. “É muito difícil gerir as expectativas das pessoas e tentar mantê-las motivadas ao longo de muito tempo de trabalho numa coisa que não sabemos se vai funcionar.”

Menos tempo na bancada do laboratório e mais à secretária, dedicado à escrita de projetos para obter financiamento, também significa mais responsabilidade para com os outros. E mais stress. “Quando era responsável só pelo meu projeto, se não corresse bem, o problema era só meu. Agora, se não conseguir um financiamento, há pessoas cujo contrato não conseguimos renovar.”

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A paternidade recente trouxe-lhe também um novo tipo de stress, que não conhecia: “esta preocupação constante com outra pessoa que não nós mesmos”. A prática de CrossFit tem sido uma ajuda para manter o equilíbrio. As novas responsabilidades familiares e profissionais nem sempre lhe permitem dedicar duas horas diárias ao treino, como fazia em 2022. “Mas se não consigo ir duas horas, como antes, vou 20 minutos. Mas vou, todos os dias. Notei que quanto mais eu faltava ao treino mais o stress se tornava evidente. Treinar é inegociável para mim.”

Também mantém, cada vez mais, o envolvimento com a agricultura, na terra dos pais, em Constantim, perto de Vila Real. “Até porque os meus pais estão mais velhos. Agora sou eu e o meu irmão que tentamos tirar proveito da terra: quase todos os hortícolas, frutícolas e leguminosas que a minha filha come vêm da casa dos avós.”